Agia Paraskevi Manastırı:
Tımarhane adasında bulunan bu manastırdan geriye en iç kısımda bulunan küçük bir kısım kalmıştır. Burayla ilgili türlü türlü efsaneler mevcuttur. Bunlardan biri de Meryem Ananın mezarının burada bulunduğu ile ilgilidir. Birçok hazine avcısı tarafından zarar gören manastır günümüzde harabe niteliğinde olmasına karşın yerli ve yabancı turistler tarafından ilgi duyulmaktadır ve her yaz yüzlerce kişiyi kendine çekmektedir.
 
Saatli Camisi (Agios Yannis Kilisesi):
İlçe merkezinde yer alan İsmet Paşa Mahallesi'nde yer alır. Kilise olarak inşa edilmiş, 1928'den sonra camiye dönüştürülmüştür.[45] Camiye çevrilmesinin ardından içindeki ikonalar boyayla kapatılmıştır. 1944 yılındaki depremde çankulesinin üstü yıkılmıştır.
 
Taksiyarhis Kilisesi:
1873 yılında inşa edilen bir kilise.[46] İçerisinde bulunan çan, II. Dünya Savaşı yıllarında yerinden çıkarılarak halka haber vermesi için kullanılmıştır. Daha sonraları bu çanın dünyanın en büyük çanı olduğu ortaya çıkmıştır.
 
Hamidiye Camisi:
Sakarya Mahallesi'nde yer alan bu cami, Ayvalık'ın tarihsel değerini yansıtan bir cami olarak yapılmış tek özgün yapıttır. Sultan II. Abdülhamit tarafından 19. yüzyılın ikinci yarısında yaptırılmıştır.[47] Yorgala Oteli'ni yaptıran kişinin zamanın yönetimine armağan etmek zorunda kaldığına ilişkin iddialar da vardır. Kırmızı taştan, kare planla inşa edilmiştir, kubbesi tuğladandır.
 
Ayazma Kilisesi:
Kemal Paşa Mahallesinde bulunan kilisenin adı içinde bulunan suyun kutsal olarak kabul görmesinden gelmektedir. Ayazma kelime anlamıyla kutsal su anlamına gelir. Neo-klasik üslûpta, 1890 yılında yapılmış geç tarihli bir yapı. Kilisenin girişi Yunan tapınaklarını anımsatmakda. Yapı malzemesi olarak Sarımsak taşı kullanılmış olan kilise bir dönem zeytinyağı fabrikası olarak kullanıldığından farklı eklentiler yapılmış. Bu yüzden iç kısımlarda anıtsal özelliklerini tamamen yitirmiş. Kilise günümüzde müze haline getirilmek için kamulaştırılmış.